Ich nutze
JMol gern um mir die Anordnung von Atomen anschaulich darzustellen. Leider ist die
Dokumentation von JMol nicht nach meinem Geschmack und ich suche immer ewig nach den passenden Scriptbefehlen. Daher mache ich aus meinen Notizen mal einen kleinen Merkzettel:
Hat man die Koordinaten aller Atome, kann man in Script mit
data "model HfO2 kubisch"
22
HfO2 kubisch
Hf -2.5200 -2.5200 -2.5200 +4
Hf -2.5200 2.5200 -2.5200 +4
Hf 2.5200 2.5200 -2.5200 +4
Hf 2.5200 -2.5200 -2.5200 +4
Hf -2.5200 -2.5200 2.5200 +4
Hf -2.5200 2.5200 2.5200 +4
Hf 2.5200 2.5200 2.5200 +4
Hf 2.5200 -2.5200 2.5200 +4
Hf -2.5200 0.0000 0.0000 +4
Hf 0.0000 -2.5200 0.0000 +4
Hf 0.0000 0.0000 -2.5200 +4
Hf 2.5200 0.0000 0.0000 +4
Hf 0.0000 2.5200 0.0000 +4
Hf 0.0000 0.0000 2.5200 +4
O -1.2600 -1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 -1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 -1.2600 1.2600 -2
O 1.2600 1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 -1.2600 -1.2600 -2
end "model HfO2 kubisch";
show data
die Atome darstellen lassen. Um die Darstellung irgendwo einzufügen ist ein weißer Hintergrund meist besser geeignet:
background white;
Oft wird es übersichtlicher, wenn man statt der automatisch erzeugten Verbindungen nur einige einzeichnet.
connect DELETE;
connect (atomno=1) (atomno=4);
Und mit
connect (atomno=3) (atomno=7) HBOND RADIUS .03 black create;
habe ich eine schwarze, dünne Strichlinie gezeichnet, da mit
draw line1 color black (atomno=5) (atomno=4);
nur durchgezogene Linien möglich sind.
line1 ist dabei ein Name für das
Zeichnungsobjekt. Jede neue Linie benötigt einen eigenen Namen:
line1, line2, line3. Gibt man mehr als drei Punkte (Atome) an, so wird eine Ebene gezeichnet. Statt der Atompositionen kann man auch Koordinaten in der Form
{x y z} angeben. Zum Beispiel zeichnet
draw plane1 color red {10 0 0} {0 10 0} {0 0 10} translucent;
eine halb durchsichtige rote Ebene.
Die Nummern der Atome kann man sich schnell mit
select all;
color labels black;
label %i;
select none;
einblenden. Ich setze die Schriftfarbe dabei gern auf schwarz, da die von
JMol vergebenen Schriftfarben auf den farbigen Atomen meist schwer zu erkennen sind. Als
Farbnamen versteht
JMol die Begriffe:
blue, deepskyblue, cornflowerblue, cadetblue, turquoise, cyan, yellow, gold, green, greenblue, chartreuse, mediumspringgreen, aquamarine, deeppink, magenta, purple, darkmagenta, blueviolet, violet, orange, red, redorange, indianred, lightsalmon, tan, burlywood, sienna, gray, white, und black.
Den Radius der Atome kann man auch anpassen,
cpk 40%
oder man ändert nur eine Sorte:
select Hf*;
cpk 60%;
das kann man einfach
nutzen um Atome zu verstecken.
Eine Ansicht kann man sich speichern, wenn man über
Rechtsklick,
Show,
Orientation einen der beiden Befehle ins Script kopiert.
