Hat man die Koordinaten aller Atome, kann man in Script mit
data "model HfO2 kubisch"
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HfO2 kubisch
Hf -2.5200 -2.5200 -2.5200 +4
Hf -2.5200 2.5200 -2.5200 +4
Hf 2.5200 2.5200 -2.5200 +4
Hf 2.5200 -2.5200 -2.5200 +4
Hf -2.5200 -2.5200 2.5200 +4
Hf -2.5200 2.5200 2.5200 +4
Hf 2.5200 2.5200 2.5200 +4
Hf 2.5200 -2.5200 2.5200 +4
Hf -2.5200 0.0000 0.0000 +4
Hf 0.0000 -2.5200 0.0000 +4
Hf 0.0000 0.0000 -2.5200 +4
Hf 2.5200 0.0000 0.0000 +4
Hf 0.0000 2.5200 0.0000 +4
Hf 0.0000 0.0000 2.5200 +4
O -1.2600 -1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 -1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 -1.2600 1.2600 -2
O 1.2600 1.2600 1.2600 -2
O -1.2600 1.2600 -1.2600 -2
O 1.2600 -1.2600 -1.2600 -2
end "model HfO2 kubisch";
show data
die Atome darstellen lassen. Um die Darstellung irgendwo einzufügen ist ein weißer Hintergrund meist besser geeignet:
background white;
Oft wird es übersichtlicher, wenn man statt der automatisch erzeugten Verbindungen nur einige einzeichnet.
connect DELETE;
connect (atomno=1) (atomno=4);
Und mit
connect (atomno=3) (atomno=7) HBOND RADIUS .03 black create;
habe ich eine schwarze, dünne Strichlinie gezeichnet, da mit
draw line1 color black (atomno=5) (atomno=4);
nur durchgezogene Linien möglich sind. line1 ist dabei ein Name für das Zeichnungsobjekt. Jede neue Linie benötigt einen eigenen Namen: line1, line2, line3. Gibt man mehr als drei Punkte (Atome) an, so wird eine Ebene gezeichnet. Statt der Atompositionen kann man auch Koordinaten in der Form {x y z} angeben. Zum Beispiel zeichnet
draw plane1 color red {10 0 0} {0 10 0} {0 0 10} translucent;
eine halb durchsichtige rote Ebene.
Die Nummern der Atome kann man sich schnell mit
select all;
color labels black;
label %i;
select none;
einblenden. Ich setze die Schriftfarbe dabei gern auf schwarz, da die von JMol vergebenen Schriftfarben auf den farbigen Atomen meist schwer zu erkennen sind. Als Farbnamen versteht JMol die Begriffe:
blue, deepskyblue, cornflowerblue, cadetblue, turquoise, cyan, yellow, gold, green, greenblue, chartreuse, mediumspringgreen, aquamarine, deeppink, magenta, purple, darkmagenta, blueviolet, violet, orange, red, redorange, indianred, lightsalmon, tan, burlywood, sienna, gray, white, und black.
Den Radius der Atome kann man auch anpassen,
cpk 40%
oder man ändert nur eine Sorte:
select Hf*;
cpk 60%;
das kann man einfach nutzen um Atome zu verstecken.
Eine Ansicht kann man sich speichern, wenn man über Rechtsklick, Show, Orientation einen der beiden Befehle ins Script kopiert.
Hallo,
AntwortenLöschenich bin ein Schüler, von einem Freund der Vater gab mir das Programm zum Üben für das Fach Chemie. Er selber hat aber leider keine Zeit es mir zu erklären.
Wie schaut es aus, wie fängt man an wenn einem der schwarze Bildschirm entgegenschaut
Das mit deinen Erklärungen ist ja schön und gut aber wo soll ich das denn hinschreiben?!
MfG
Peter
Hallo Peter,
AntwortenLöschenMit einem Rechtsklick in das schwarze Fenster kannst du im Popupmenu "Console" auswählen. Dann erscheint ein weiteres Fenster mit einem "$" als Prompt. In dieser Konsole kannst du obige Beispiele per Copy&Paste einfügen, oder selber tippen.
Eine meitere Möglichkeit ist das anlegen einer Textdatei mit dem Editor deiner Wahl, die du dann über Open/File... in JMol öffnest.
Alles klar?
Gruß
GoemonX