Nach Speichern und Beschneiden von Videos komme ich bei meiner Suche nach Software nun zum Konvertieren:

• Super^(c) ist ein Super Programm für windows das wahrscheinlich alles kann was man irgendwann mal bei Videokonvertierung machen kann
  (Closed Source, freie Software, Windows)
• Mencoder sollte gleiches unter Linux tun, als Kommandozeilensoftware braucht man dazu eine GUI: GMencoder schein nicht mehr weiter entwickelt zu werden, LinCoder macht aber einen guten Eindruck. 

Edit: Habe eben gerlernt, das Super(c) auch blos ein Mencoder Frontend ist ;-)

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